最开始玩家控制的是主角康纳（后来改的）的父亲，先开始夺取了一个护符，然后圣殿骑士组织让他前往新大陆寻找古代遗迹，经历船只遇袭事件后，终于来到殖民地。之后遇到了主角母亲，并护送其回家，后完成任务离开殖民地。

一部分

然后就来到来到主角的视角，玩家控制长大的康纳，历经年幼丧母的重要剧情后，在金苹果的协助下与古人联系，受到指引后找到了刺客组织，之后逐渐沦入爱国者起义的洪流，期间与其父为了各自的目的一同铲除圣殿骑士的，也与华盛顿等人一起为革命立下汗马功劳，但是因为白人对印第安人的种种暴行最后分道扬镳。

二部分

之后康纳抓住李以后，华盛顿决定放过最后的魔头查尔斯李，但是苦大仇深的康纳为了新仇旧恨最后还是决定孤身一人去追杀他，在爱国者的舰队的协助下终于潜入查尔斯的城堡却发现查尔斯被他父亲放走了，其父坚信此人是美国的救星，怒火中烧的康纳最后偷袭险胜父亲，之后在一个骑士团党羽的聚会中再次寻获查尔斯，但是还是失之交臂。

三部分

最后在查尔斯准备逃回英国之前终于抓到了他，一番追逐后重伤的二人在一所酒馆中对饮一杯，然后康纳手起刀落结束了自己的复仇并夺取了护身符，接着康纳再次回到部族营地，族人已经离开去往更深处的内陆，但是却留下了联络装置。

四部分

先行者告诉康纳藏好护身符，终有一天会有人来取回此物，至此回忆结束回到现代主角。

五部分

最终主角打开了遗迹大门，却发现等待他的只有更多坑爹阴谋，原来这里不仅是拯救世界的关键，还封印的是已经数字化的一位先行者的意识，启动装置可以拯救世界但是同时会释放她，这个先行者会再次奴役世界，而不释放她，世界会被毁灭，而幸存的戴斯蒙会成为新的耶稣，被人们永远铭记成为永恒的传说，戴斯蒙决定先拯救世界，因为他坚信终会有人站出来消灭这个魔头。

刺客信条3的大概剧情就到这了

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